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HP利用案内
★★農業生物資源DNAバンクのサービス概要：利用できるデータ★★
●サービスの概要●
農業生物資源DNAバンクではFASTA、BLASTなどの遺伝子情報の高速ホモロジー
検索や、Gopher、WWWなどにより広く遺伝子／蛋白質の研究に必要な情報とツー
ルの提供サービスを実施いたします。
●利用できるデータ●
農業生物資源DNAバンクでは遺伝子／蛋白質データの世界的拠点であるGenBank、
EMBL、DDBJに蓄えられている遺伝子情報とPIR、Swiss Protに蓄えられている蛋
白質情報をすべて利用することができます。
農業生物資源DNAバンクで扱う各々のデータは２〜３か月の周期で定期的に更
新されるほか、世界中の遺伝子研究者により、研究・発見されている遺伝子情
報のすべてを日々更新し、常に最新のデータ・ベースとして構築し、様々な形
でご利用になれます。 利用可能なデータは以下の通りです。
◆GenBankデータ・ベース：
gbpri.seq 霊長類 gbrod.seq 齧歯類
gbmam.seq 哺乳類（上記以外） gbvrt.seq 脊椎動物（上記以外）
gbinv.seq 無脊椎動物 gbpln.seq 植物・酵母
gbbct.seq バクテリア gbvrl.seq ウイルス
gbphg.seq バクテリオファージ gbrna.seq 構造RNA
gbsyn.seq 合成遺伝子 gbuna.seq 未注釈データ
gbest.seq EST配列 gbsts.seq STS配列
◆EMBLデータ・ベース：
est.dat EST配列 fun.dat 菌類
inv.dat 無脊椎動物 mam.dat その他哺乳類
org.dat オルガネラ phg.dat バクテリオファージ
pln.dat 植物 pri.dat 霊長類
pro.dat 原核生物 rod.dat 齧歯類
sts.dat STS配列 syn.dat 合成遺伝子
unc.dat その他 vrl.dat ウイルス
vrt.dat その他の脊椎動物
patent.dat 特許として登録済みDNA配列
◆DDBJデータ・ベース：
ddbjpri.seq 霊長類 ddbjrod.seq 齧歯類
ddbjmam.seq 上記以外の哺乳類
ddbjvrt.seq 上記以外の脊椎動物
ddbjinv.seq 無脊椎動物 ddbjpln.seq 植物、菌類、藻類
ddbjorg.seq オルガネラ ddbjbct.seq バクテリア
ddbjrna.seq 構造RNA ddbjvrl.seq ウィルス
ddbjphg.seq バクテリオファージ
ddbjsyn.seq 合成配列 ddbjuna.seq 未注釈データ
ddbjest.seq EST配列 ddbjsts.seq STS配列
◆PIRデータ・ベース：
PIR1.DAT 注釈が完全に終わっているもの
PIR2.DAT 完全ではないが、注釈がしてあるもの
PIR3.DAT 未注釈のもの
◆Swiss-Protデータ・ベース：
seq.dat 注釈が完全に終わっているもの
◆JAPIOデータ・ベース：
japio.dat 日本の特許として登録済みDNA配列
★★Anonymous FTP : ファイル転送サービス★★
農業生物資源DNA バンクではAnonymous FTP（アノニマス・エフ・テー・
ピー）のサービスを提供します。Anonymous FTPは、農林水産研究情報ネット
ワークはもとより世界中にはりめぐらされている計算機ネットワーク
（Internet）上のユーザにDNA配列データ等を配布するのに適した方法です。
サーバ名：ftp
アドレス：ftp.dna.affrc.go.jp または 150.26.230.138
（システム構成の関係からIPアドレスは変更の可能性があります。）
ユーザー名：ftp または anonymous
パスワード：あなたのE-mailアドレス
★★WWW : ハイパーテキストによる検索サービス★★
農業生物資源DNA バンクでは、WWW（Word-Wide Web : ワールド・ワイド・
ウェッブ）によるサービスを提供します。
WWWは農林水産研究情報ネットワークはもとより世界中にはりめぐらされている
計算機ネットワーク（Internet）上の情報を使いやすいかたちでまとめ、提供
するための方法です。
WWWは、Gopherに似たシステムですが、Gopherよりも互いのデータに柔軟な関
係をもたせることができる、いわゆるハイパーテキストとなっています。
サーバ名：www
アドレス：www.dna.affrc.go.jp
利用方法：WWW情報ブラウザ（IE, Netscape等）によりアクセスします。
"http://www.dna.affrc.go.jp/"
★★WAIS : 配列データのキー・ワード検索サービス★★
農業生物資源DNA バンクでは、WAIS（Wide Area Information Servers : ウェ
イズ）による配列データの検索サービスを提供します。WAISは世界中にはりめ
ぐらされている計算機ネットワーク（Internet）に分散的に蓄積された情報に対
して、あらかじめデータにインデックスをつけ、任意の文字列による検索を可能
にするためのシステムです。
農業生物資源DNA バンクのwaisサーバでは、DNA バンクにある dna 及び
protein のデータファイルをすべてインデクシングしています。
サーバ名：wais
アドレス：http://www.dna.affrc.go.jp/wais/
利用方法：WWW情報ブラウザ（IE, Netscape等）によりアクセスします。
★★SRS : 分子生物関連データバンクキー・ワード検索サービス★★
農業生物資源DNA バンクでは、SRS（Sequence Retrieval System : エス・
アール・エス）によるデータの検索サービスを提供します。SRSはEMBLの
Thure Etzoldが中心となり開発した最新の分子生物関連データバンクを検索するソ
フトウエアです。DNAなどのデータが高速に検索できるだけでなく、検索結果から
関連するタンパク質データを検索するなど、データバンクをまたにかけた検索が
WWW上でできます。
サーバ名：SRS
URL：http://srs.dna.affrc.go.jp/SRS/index.html
利用方法：WWW情報ブラウザ（IE, Netscape等）によりアクセスします。
★★Gopher : メニュー形式の検索サービス★★
農業生物資源DNA バンクでは、Gopher（ゴファー）によるサービスを提供します。
Gopherは、農林水産研究情報ネットワークはもとより世界中にはりめぐらされて
いる計算機ネットワーク（Internet）上の情報を使いやすいかたちでまとめ、
提供するための方法です。
Gopherでは情報をメニュー形式で選択できるようになっています。メニュー
形式であることからユーザ側の端末機器に特別の要求は少なくパソコン等の端
末でも利用できます。
サーバ名：gopher
アドレス：gopher.dna.affrc.go.jp
利用方法：Gopher情報ブラウザによりアクセスします。
農業生物資源DNAバンクで提供するGopherサーバには、以下の特徴的なサービスが
用意されています。
●Veronica（ベロニカ）：
Veronicaは、Gopherの検索項目の索引を作成し、タイトル検索を提供するも
のです。農業生物資源DNAバンクで提供するGopher検索項目は、常にVeronicaに
より索引の更新を行い、効果的なGopherによる検索サービスを提供します。
利用方法：Gopherメイン・メニューからLocal_Serch_Serviceを選択します。
次にSearch by Accession using VERONICAを選択します。
●Network_News（ネットワーク・ニュース）：
Network_Newsは専用のNews Readerを使って読み書きするのが一般的ですが、
農業生物資源DNAバンクでは、Network_NewsをGopherから読むことができます。
（但し、投稿はできません）
利用方法：Gopherのメイン・メニューからNetwork_News_by_ap-a.cc/を選択
します。
●Archie（アーチィ）：
Archieは目的のファイルが、どのFTPサーバの、どのディレクトリにあるか
を検索します。一般的にはArchieクライアントで検索しますが、農業生物資源
DNAバンクでは、GopherサーバでArchie検索機能を提供します。
利用方法：Gopherのメイン・メニューからNetwork_Services/を選択します。
次にarchie search using archie.sura.net/を選択します。
★★E-mail : 電子メールによる検索サービス★★
農業生物資源DNA バンクでは、計算機上で手紙の送受信を行うE-mail（イー・
メール）による検索サービスを提供します。
具体的には、E-mailで問い合わせ配列を送信するとE-mailを受けとった計算
機が自動的に検索を行い、結果をE-mailで返送するものです。このサービスは
パソコン通信からも利用できます。
＜＜E-mailで利用できるホモロジー検索サービス＞＞
ホモロジー検索（相同性検索）とは、目的の配列に近いものをデータ・ベー
スの中から探すことをいいます。農業生物資源DNAバンクでは、E-mailを利用し
たDNA配列等のホモロジー検索サービスとして、SWsrch（Smith-Watermanサーチ）、
BLAST (ブラスト)、FASTA（ファスタ）を利用したサービスを提供します。
●SWsrch (Smith-Waterman search) : ホモロジー検索ツール●
農業生物資源DNAバンクでは、Smith and Waterman アルゴリズムを利用した
DNA配列等のホモロジー検索サービスを提供します。SWsrchでは、
Smith and Waterman アルゴリズムを並列コンピュータで実現した米国
Paracel社の高感度ホモロジー検索ツールBioView Toolkitを利用しています。
検索の特徴
◎FASTA,BLASTの後にできた最新の検索ツールです。
◎漏れのない検索を高速に行います。
◎配列に入れるギャップの大きさを調整できます。
サーバ名：SWsrch
アドレス：
ヘルプの利用方法：上述のアドレスに以下のメッセージを送付する
To: ←固定
From: youraddress@host.domain ←あなたのE-mailアドレス
Subject:(free) ←自由に書いてください
help ←（本文）先頭からこれだけ書いてください。
=================================================================
*** SWsrchサービス終了のお知らせ ***
日頃 DNAバンクをご利用いただきありがとうございます。
これまで提供してまいりましたSWsrchサービスは諸事情により
下記の日程をもちまして終了いたします。
・SWsrchサービス終了日： 2006年3月31日（予定）
ご不便をお掛けしますがご理解とご協力の程よろしくお願い致します。
＜参考情報＞
Smith-Watermanアルゴリズムによるホモロジー検索は次のサイトで
提供されています。
DDBJ: http://www.ddbj.nig.ac.jp/
EMBL: http://www.ebi.ac.uk/
=================================================================
●BLAST : ホモロジー検索ツール●
農業生物資源DNAバンクでは、AltschulらのBLAST (ブラスト)を利用したホ
モロジー検索サービスを提供します。
検索の特徴
◎FASTAの後に作られた検索ツールです。
◎FASTAより短時間で検索します。
◎配列にギャップを入れずに検索します。
サーバ名：BLAST
アドレス：
ヘルプの利用方法：上述のアドレスに以下のメッセージを送付します。
To: ←固定
From: youraddress@host.domain ←あなたのE-mailアドレス
Subject:(free) ←自由に書いてください
help ←（本文）先頭からこれだけ書いてください。
●FASTA : ホモロジー検索ツール●
農業生物資源DNAバンクでは、Pearson and LipmanのFASTA（ファスタ）を利
用したホモロジー検索サービスを提供します。
検索の特徴
◎最も歴史の古い検索ツールです。
◎検索には時間がかかります。
◎配列にギャップを自動的に入れて配列の並びを最適化しながら検索
します。
サーバ名：FASTA
アドレス：
ヘルプの利用方法：上述のアドレスに以下のメッセージを送付します。
To: ←固定
From: youraddress@host.domain ←あなたのE-mailアドレス
Subject:(free) ←自由に書いてください
help ←（本文）先頭からこれだけ書いてください。
●Gophermail : メールによるメニュー形式の検索サービス●
農業生物資源DNA バンクでは、Gophermail（ゴファーメール）による検索
サービスを提供します。Gophermailとは、E-mailを利用してGopherによる検
索サービスを提供するもので、農林水産研究情報ネットワークはもとより世
界中にはりめぐらされている計算機ネットワーク（Internet）上の情報をす
べてE-mailにより提供するための方法です。
Gophermailでは、サーバ側はメールの本文にGopherのメニューを記載して返
信します。クライアント側はメニューを選択した返信文を送付するだけで、情
報を得られるようになっています。
メール形式であることからE-mailを利用できるユーザであれば誰でも簡単に
利用できます。
サーバ名：GopherMail
アドレス：
ヘルプの利用方法：上述のアドレスに以下のメッセージを送付します。
To: ←固定
From: youraddress@host.domain ←あなたのE-mailアドレス
Subject:help ←固定
（本文は不要です）
●FTPmail : メールによるファイル転送サービス●
農業生物資源DNA バンクでは、FTPmail（エフ・テー・ピー・メール）によ
るファイル転送サービスを提供します。FTPmailとは、E-mailを利用して
Anonymous FTPによるファイル転送サービスを提供するもので、農林水産研究
情報ネットワークはもとより世界中にはりめぐらされている計算機ネットワー
ク（Internet）上のユーザにDNA配列データ等を配布するのに適した方法です。
FTPmailでは、サーバ側はメールの本文にAnonymous FTPのコマンドとその応
答を記載して返信します。また、バイナリデータのダウンロードもuuencodeを
用いて本文に記載され返信されます。クライアント側でFTPのコマンドを記述し
た本文を送付するだけで、普通のAnonymous FTPと同じ動作ができるようになっ
ています。
メール形式であることからE-mailを利用できるユーザであれば誰でも簡単に
利用できます。
サーバ名：FTPmail
アドレス：
ヘルプの利用方法：上述のアドレスに以下のメッセージを送付します。
To: ←固定
From: youraddress@host.domain ←あなたのE-mailアドレス
Subject:(free) ←自由に書いてください
help ←（本文）先頭からこれだけ書いてください。
★★オンライン・アクセス・サービス★★
農業生物資源DNAバンクでは、ダム端末やパソコン通信を含めたあらゆる端
末を通じて直接各種サーバを利用できる、オンライン・アクセスによる検索や
解析のサービスを提供します。一部のサービスでは、ユーザーIDの登録が必要
です。
＜＜ユーザーID等を登録して利用できるサービス＞＞
このオンライン・アクセス・サービスを利用するためには、ユーザーID登録
等の手続きが必要となります。
利用を希望される方は、本文の最後に添付しました「オンライン利用試験参
加申込書」に必要事項を記入し、電子メールで
宛に送ってください。
=================================================================
お知らせ：
bank.dna.affrc.go.jpにおけるtelnetサービスは、セキュリティ向上
のため、以下の期日を持って停止させていただきました。
サービス停止日 ： 2002年03月01日
bank.dna.affrc.go.jpではsshサービスも提供しております。
telnetサービス停止日以降はsshサービスをご利用ください。
以上、よろしくお願いいたします。
=================================================================
●GCG : DNA配列検索・解析ツール●
農業生物資源DNAバンクでは、GCG(ジー・シー・ジー)によるDNA配列データ
ベース等の検索、解析のサービスを提供します。
GCGはさまざまな配列検索と解析を行う一群のプログラムツールです。配列
データの検索機能だけでなく、配列を解析した結果をディスプレイ上にグラフィ
カル表示する機能も有します。
＃このサービスは、農林水産技術会議事務局傘下の研究所に所属する研究者
＃以外は利用できません。ご理解頂けますよう、お願い申し上げます。
●BLAST : ホモロジー検索ツール●
E-mailでも提供しているBLASTのホモロジー検索がオンラインで利用可能に
なります。
●FASTA : ホモロジー検索ツール●
E-mailでも提供しているFASTAのホモロジー検索がオンラインで利用可能
になります。
●Web HomePage Service : 情報発信環境●
研究に役立つ情報を発信できるよう、ディスク容量の許す範囲内で、
ご自分のホームページを作成できます。
・利用方法
1.自分のホームディレクトリの下に、public_htmlというサブ
ディレクトリを作る。
2.public_htmlの下に、HTML(HyperText Markup Language)で
index.htmlを作成・編集する。
3.IE、netscapeなどのブラウザを用いて、下記のように
URLを開くと、2.で編集したWWWのページが表示されます。
http://＜loginしたホスト名＞/~＜あなたのユーザID＞
★★オンサイト・サービス★★
以下のようなツールのオンサイト・サービスが可能です。
オンサイト・サービスとは、ユーザーに農業生物資源DNAバンクで実際に専用
の計算機を直接操作していただくサービスです。
利用を希望される方は、冒頭のサービス案内までお知らせください。
●AVS Chemistry Viewer : 分子構造可視化ツール●
農業生物資源DNAバンクではAVS Chemistry Viewerを用いたサービスを提供しま
す。AVS Chemistry Viewerは、PDB (Protein Data Bank)に収録されているタンパ
ク質やDNA等の生体高分子の構造を立体的に表示、自由自在に回転・移動すること
ができます。
●利用申請の方法●
以下に添付する、オンラインデータベース利用規程第３条の規定に基づき、利用
申請書を電子メールで 宛に送ってください。
ただし、農林水産研究計算センター、セクションサーバの利用者は、第３条の規定
に基づき利用者登録は必要はありません。計算センター、セクションサーバの利用
者ＩＤで、bank.dna.affrc.go.jpにそのままsshでloginできるよう準備中です。
なお、登録は申込み書を受領してから１週間ほどかかります。現在、登録完了の
お知らせは電子メールで行っています。電子メールの送信の１週間経過後も連絡
がないようでしたら、なんらかの理由でメールが届いていない可能性もあります
ので、お問い合わせください。
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農業生物資源研究所ＤＮＡ情報管理利用システム・オンラインデータベース利用規程
８農生研遺第１号 農業生物資源研究所中一般
ＤＮＡ情報の円滑かつ効率的な運用を図るため，農業生物資源研究所ＤＮＡ情報管
理利用システム・オンラインデータベース利用規程を次のように定める。
平成８年１月４日
農業生物資源研究所長
（趣旨）
第１条 この規程は，農業生物資源研究所（以下「研究所」という。）のＤＮＡ情報
管理利用システムに蓄積された農林水産生物全般の遺伝子関連研究に関わるオン
ラインデータベース（以下「データベース」とう。）の利用に必要な事項を定め
る。
（利用者の資格）
第２条 データベースを利用できる者は，次に掲げる者とする。
１ 農林水産ジーンバンクに遺伝子の本体であるデオキシリボ核酸又はリボ核酸
（以下「ＤＮＡ等」という。）又はＤＮＡ等情報（データ及びソフトウエア）
を提供した者又は提供しようとする者
２ 農林水産省が推進する試験研究の研究者及びその共同研究者
３ 農林水産研究計算センターの利用者
４ その他農業生物資源研究所長（以下「研究所長」という。）が特に適当と
認めた者
（利用者登録の申請）
第３条 データベースの利用を希望する者は，別記様式１により利用者登録を研究所
長に申請しなければならない。ただし，農林水産研究計算センターの利用者を除
く。
（利用者登録の通知）
第４条 研究所長は，前条により利用者登録が申請され，当該申請者のデータベース
の利用を認める場合，利用者ＩＤを発行し，別記様式２により当該申請者へ通知
する。
（利用者の義務）
第５条 前条により研究所長が利用者登録を通知した申請者及び農林水産研究計算セ
ンター利用者（以下「利用者」という。）は，データベース利用者ＩＤを他人に
使用させてはならない。
２ 利用者は，このデータベースを利用した試験研究成果を発表する場合，ＤＮＡ情
報管理利用システムを利用した旨を明記しなければならない。
３ 利用者は，研究所長から求めがあった場合，データベースを利用して得た成果の
概要を報告しなければならない。
４ 利用者は，第３条による利用者登録申請書の記載事項を変更する場合，別記様式
３によりその旨を速やかに研究所長へ届け出なければならない。ただし，農林水
産研究計算センターの利用者を除く。
５ 利用者は，データベースの利用を一定期間停止する又は利用者登録を取り消す場
合，別記様式４によりその旨を速やかに研究所長へ届け出なければならない。た
だし，農林水産研究計算センターの利用者を除く。
（利用上の注意）
第６条 利用者は，データベースの利用に当たり，個々のデータ及びソフトウエアに
付された利用条件を厳守しなければならない。
２ 研究所は，データベースの利用又は利用結果により利用者又は第三者が被ったい
かなる損害に対しても，責任を負わない。
（利用者登録の取消し等）
第７条 利用者が，この規程又はこの規程に基づく定めに違反したとき，その他デー
タベースの運営に重大な支障を及ぼしたとき，研究所長は当該利用者の利用者登
録を取り消し又はデータベースの利用を一定期間停止することができる。
（細目）
第８条 この規程に定めるもののほか，データベ−スの利用に関して必要な細目は，
研究所長が別に定める。
（付則）
１ 利用申請については，郵送，ファクシミリ又は電子メールで行う。
２ この規程は，平成８年１月４日から施行する。
別記様式１（第３条関係）---------------------------------------------------
農業生物資源研究所ＤＮＡ情報管理利用システム・オンラインデータベース利用者
登録申請書
年 月 日
農業生物資源研究所長 殿
申請者氏名
農業生物資源研究所ＤＮＡ情報管理利用システム・オンラインデータベース利用規
程第３条の規定に基づき，下記のとおり申請します。
記
１ 申請者氏名（ローマ字）
２ 申請者所属機関，研究部・研究室
３ ２の住所
４ 申請者電話番号
５ 申請者ファクシミリ番号
６ 申請者電子メールアドレス
７ 利用目的
<様式１記入例>------------------------------------------------------------
| 平成１５年 １月 １６日
| 農業生物資源研究所長 殿
|
| 申請者氏名 生物 太郎
|
| 農業生物資源研究所ＤＮＡ情報管理利用システム・オンラインデータベース
| 利用規程第３条の規定に基づき，下記のとおり申請します。
|
| 記
|
| １ 申請者氏名（ローマ字） 生物 太郎（SEIBUTSU Taro）
| ２ 申請者所属機関，研究部・研究室 農業生物資源研究所遺伝資源第２部
| ＤＮＡ管理情報科
| ３ ２の住所 〒305-8602 茨城県つくば市観音台2-1-2
| ４ 申請者電話番号 029-8XX-XXXX
| ５ 申請者ファクシミリ番号 029-8XX-XXXX
| ６ 申請者電子メールアドレス XXX@dna.affrc.go.jp
| ７ 利用目的 ＤＮＡ研究関連のソフトウエアの提供
別記様式２（第４条関係）---------------------------------------------------
農業生物資源研究所ＤＮＡ情報管理利用システム・オンラインデータベース利用者
登録通知書
年 月 日
申請者所属機関，研究部・研究室
申請者氏名
農業生物資源研究所長 印
この度，下記のとおり登録しましたので通知します。
記
１ 利用者ＩＤ：
２ 仮パスワード：
（注意）仮パスワードは，利用者個人で決めた新たなパスワードに変更して下さい。
別記様式３（第５条関係）---------------------------------------------------
農業生物資源研究所ＤＮＡ情報管理利用システム・オンラインデータベース利用者
登録申請書記載事項変更届
年 月 日
農業生物資源研究所長 殿
利用者ＩＤ
利用者氏名
農業生物資源研究所ＤＮＡ情報管理利用システム・オンラインデータベース利用規
程第５条第４項の規定に基づき，下記のとおり届け出ます。
記
１ 変更年月日
２ 利用者氏名（ローマ字）
３ 利用者所属機関，研究部・研究室
４ ３の住所
５ 利用者電話番号
６ 利用者ファクシミリ番号
７ 利用者電子メールアドレス
８ 利用目的
（注意） 記以下は，変更のあった事項以外は省略することができる。
別記様式４（第５条関係）---------------------------------------------------
農業生物資源研究所ＤＮＡ情報管理利用システム・オンラインデータベース利用者
登録（停止・取消）届
年 月 日
農業生物資源研究所長 殿
利用者ＩＤ
利用者氏名
農業生物資源研究所ＤＮＡ情報管理利用システム・オンラインデータベース利用規
程第５条第５項の規定に基づき，下記のとおり届け出ます。
記
１ 停止年月日及び期間・取消年月日
２ 利用者所属機関，研究部・研究室
３ ２の住所
４ 利用者電話番号
５ 利用者ファクシミリ番号
６ 利用者電子メールアドレス
|
