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配布対象のDNA

現在、配布しているDNAは以下のとおりです。

イネ

  • イネcDNAクローン
クローンリスト
イネのcDNAクローンは様々な器官や組織などのライブラリ(黄化葉、緑葉、カルス、根、開花期の穂、登熟期の穂、10cm超の穂、3cm未満の穂、3〜10cmの穂、 生長点を含む未熟葉)由来で、合計は 48,582 クローンがあります。ライブラリーごとの配布は行っていません。配布可能なイネcDNAクローンのキーワード検索はこちらです。

  • イネRFLPマーカー
イネの高密度連座地図
  • イネRFLPマーカーセット
マーカーリスト
  • イネPAC/BACクローン
クローンリスト

ブタ

  • ブタBACクローンスーパープール(1番〜22番)
  • ブタBACクローン4Dプール(各34個)
  • ブタBACクローン

三元交雑豚((ランドレース x 大ヨークシャー)x デュロック)雄個体より調製した103,488クローンのブタゲノムライブラリーです。目的の遺伝子等が含まれるクローンを特定するために、2段階スクリーニングシステムを用意しています。まず、22種類の「スーパープール」DNAを用いたPCRにより第一次スクリーニングを行い、その後、各スーパープールに対応する34個ずつの「4Dプール」を用いたPCRによりクローンが特定されます。

詳細については
「Suzuki et al., Animal Genetics 31:8-12, 2000」
の文献をご覧ください。


  • ブタ完全長cDNAクローン
クローンリスト(Excel) (PDF)

ブタの各種臓器(三元交雑豚、ランドレース、バークシャー各個体)を用いて、完全長cDNAライブラリーを主とするcDNAライブラリーを構築し、EST解析とcDNA全長解読を行っております。これまでに10,147クローンについてcDNA全長の解読を完了し、DNAバンクを通じて配布を行っております。目的の遺伝子をコードするクローンの検索は、Pig Expression Data Explorer(PEDE)を用いて行ってください。


その他cDNAの全長解読を行っていないクローンについても、15万個以上についてPEDE、あるいはDDBJ/EMBL/GenBankを通じて配列の公開を行っております。これらの配布につきましては、当所家畜ゲノム研究ユニット宛
( )にご連絡いただければ別途対応いたします。が、時間がかかることをあらかじめご了解ください。

詳細については
「Uenishi et al., Nucleic Acids Research 35:D650-D653, 2007」
「Uenishi et al., Nucleic Acids Research 32:D484-D488, 2004」
の文献をご覧ください。