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配布対象のDNA

現在、配布しているDNAは以下のとおりです。

イネ

  • イネ完全長cDNAクローン

    イネ完全長cDNAプロジェクト(生物系特定産業技術研究推進機構、農業生物資源研究所、理化学研究所、国際科学振興財団の共同研究)において全長の塩基配列決定された約3万クローンを提供することができます。各クローンの詳細な情報は、RAP (The Rice Annotation Project )で公開されています。必要なクローンは、本データベースで検索してお調べ下さい。

    イネ完全長cDNAクローンはプラスミドDNAとして配付しています。使われたベクターはpME18SFFL-3(clone ID 001〜, clone ID 006〜), pCMV-SPORT6(clone ID 002〜) and Lambda-FLC(clone ID J0〜, clone ID J1〜)です。
    ・各クローンのベクター情報
    ・クローン準備の手順
    ・クローンリスト(Excel)
  • イネ品種「日本晴」PAC/BACクローン
クローンリスト

RGP PACクローン(頭文字P)とRGP BACクローン(頭文字B)のみ配布可能です。 配布可能クローンについて

  • イネ品種「カサラス」BACクローン
クローンリスト(Excel)
アウスタイプのイネ品種「カサラス」BAC物理地図及び第1染色体の高精度塩基配列解読(農業生物資源研究所)において、日本型イネ品種「日本晴」の各染色体にin silico でマッピングされた2,752の「カサラス」MTP(minimum-tiling-path)BAC クローンを提供することができます(Kanamori et al., 2013. The Plant Journal 76: 699-708).


オオムギ

  • オオムギ全長cDNAクローン
クローンリスト(Excel)
オオムギ(品種:はるな二条)完全長cDNA解読(農業生物資源研究所、農林先端技術研究所、岡山大学)において全長塩基配列が決定された23,614クローンを提供することができます(Matsumoto et al., 2011. Plant Physiol. 156: 20-28)。各クローンの染色体上における物理位置、遺伝子の機能予測及び発現パターンなどに関する詳細情報はbex-db(Barley Gene Expression Database)で公開されています (Tanaka et al., 2013. Breeding Science 63: 430-434)。オオムギ完全長cDNAクローンは精製したプラスミドDNAとして配布しています。使われたベクターはpFLCIIIです。40μlの10mM Tris(pH 8.6)に溶解されたDNAを入れて乾燥したチューブの形態で配布しています。純水に溶かして形質転換に用いてください。


ブタ

  • ブタ完全長cDNAクローン
クローンリスト(Excel) (PDF)

ブタの各種臓器(三元交雑豚、ランドレース、バークシャー各個体)を用いて、完全長cDNAライブラリーを主とするcDNAライブラリーを構築し、EST解析とcDNA全長解読を行っております。これまでに10,147クローンについてcDNA全長の解読を完了し、DNAバンクを通じて配布を行っております。目的の遺伝子をコードするクローンの検索は、Pig Expression Data Explorer(PEDE)を用いて行ってください。


その他cDNAの全長解読を行っていないクローンについても、15万個以上についてPEDE、あるいはDDBJ/EMBL/GenBankを通じて配列の公開を行っております。これらの配布につきましては、当所家畜ゲノム研究ユニット宛
( )にご連絡いただければ別途対応いたします。が、時間がかかることをあらかじめご了解ください。

詳細については
「Uenishi et al., Nucleic Acids Research 35:D650-D653, 2007」
「Uenishi et al., Nucleic Acids Research 32:D484-D488, 2004」
の文献をご覧ください。


カイコ

カイコゲノム研究プログラム (SGP: Silkworm Genome research Program)で作出されたカイコの完全長cDNAクローンとESTクローンが配布可能です。各クローンの詳細な情報は、カイコゲノム研究プログラム (SGP)のホームページより公開されています。必要なクローンは、本データベースで検索してお調べ下さい。


  • カイコ完全長cDNAクローン
  • カイコESTクローン