4-8ugawa

第4章　　　インターネットを使ったデータベースへのアクセスとサービス

Nentrez　

　　　　鵜川義弘

Nentrez（ナントレ）は，核酸，アミノ酸配列と，それに関連する文献情報をネットワーク経由で検索するフリーソフトウェアである．これは，NCBI(MEDLINEというオンライン文献検索サービスで有名な米国国立衛生研究所(NIH)内，米国国立医学図書館に属する，米国バイオテクノロジー情報センター，現GenBank（ジェンバンク）担当機関)で開発された評判の高いソフトである「Entrez」の，ネットワーク版(Network-Entrez)であり，Entrezと同等の機能を持つ．現在のバージョンは2.001である．Entrez（アントレ）は，GenBank/EMBL/DDBJの核酸配列データ，SWISS-PROT，PIR，PDB，PRFアミノ酸関連データ，米国，欧州の特許データ，さらに，これらに関係するMEDLINE文献データをCD-ROMで提供するものである．Entrezの画期的な点は以下の３点である．

特徴

１．CD-ROMの実費配布（Nentrezではネットワーク上のデータを使用するのでCD-ROMは使わない）
　十数年前に活動を開始したGenBank/EMBL/DDBJのＤＮＡデータをはじめとする生物情報データベースは，無料で供給されており，誰にも著作権がないパブリックドメインといわれるものである（このため，民間のDNAデータベース供給各社は，DNAデータを売るのではなく，その検索ソフトを売っていることになっている）．GenBankを担当する機関そのものから提供され，利潤を追求するものではないので，民間のDNAデータベース供給各社の定価を大幅に下回る，CD-ROM年間６回供給で80ドル程度という，ほぼ実費で配布を受けることができる．

２．関連するMEDLINE文献データも入っている
　一方，長い歴史を持つ文献情報は，検索が有料であるのがこれまでの常識であり，実費で供給されているDNAのCD-ROMに納めることはできなかった．しかし，上部組織である米国国立医学図書館でMEDLINEの大量の文献情報が扱われているという好条件に支えられ，配列情報に直接関連する文献データも，EntrezのCD-ROMに入れることができたのである．

３．検索方法に"ネイバリング（neighboring）"の概念を導入（図１）
　文献やDNA配列などのキーワード検索は，ANDやOR等の集合の概念を使用するのが従来の方法である．Entrezも最初のデータを絞り込むのには同じ方法を用いる．その後，Entrezで

図１　"ネイバリング（neighboring）"の概念

は，検索結果と似ている"ネイバー"（近傍）を探せるのが特徴である．ネイバーとは，検索したDNA配列をアミノ酸に翻訳した配列であったり，それが出ている文献であったりする．文献のネイバーを探すなら，今度はその文献のタイトルと似たタイトルを持つ文献，DNA配列の場合は，それと似た配列を持つDNAを探すことが瞬時にできる．はなはだ人間らしい直感的な検索ができるシステムとなっている．

入手方法

さて，EntrezのCD-ROMには泣き所があった．近年，ゲノムプロジェクトの発足をはじめとする研究の進歩に伴い，収集したDNAデータが指数関数的に増え，データがCD-ROM１枚に収まらなくなってしまったのである．現状では２枚のCD-ROMを必要に応じて取り替える方法がとられている．別の方策として，CD-ROMのデータを検索する代わりにデータをインターネットの先，米国に置き，そこを直接検索するNentrezが登場した．NentrezでできることはEntrezと同じである．インターネット直結のMacintoshであれば，CD-ROMのドライブを持たなくても，すなわちCD-ROMの配布を受けなくともEntrezの最新CD-ROMを持っているのと同じ検索を行うことができる．Nentrezは，
ftp://ncbi.nlm.nih.gov/entrez/network/Nentrez.hqx
にある．ついでに，マニュアル（Entrez Manual）は，
ftp://ncbi.nlm.nih.gov/entrez/docs/entrezdoc.hqx

にあるので，FTPなどで同時に入手する．これはEntrez用のマニュアルであるが，以下で述べるネットワーク番号の登録とユーザ名の登録のインストール作業を除き，NentrezとEntrezの機能は同じである．FTPの仕方は，Fetchの項を参照されたい．

使用者のネットワーク番号の登録

Nentrezは，利用に先立ち，ユーザの使用するネットワーク番号(IP address)の登録が必要である．申請すべき項目は，申請者の，

Name, Affiliation, Postal, address, E-mail address, Telephone number

と，ネットワーク番号，

IP addresses of the computers that will run the Entrez clientsoftware (all computers on a subnet may be denote as, for example,130.14.25.*)

であり，これを，net-info@ncbi.nlm.nih.gov宛に電子メールで送る．電子メールの送付方法は，４章「Eudora」を参照されたい．申請はネットワーク管理者でなくとも可能であるが，IPアドレス等が関係するし，同じSubnetに属する人が何度も重複して申請しなくてよいように，ネットワーク管理者がいれば，一言相談するといいと思う．
　筆者は次のように書いた．

   Date: Wed, 10 Nov 93 18:27:49 +0900
　To: net-info@ncbi.nlm.nih.gov
　From: ugawa@disc.dna.affrc.go.jp
　Subject: Nentrez IP address

　Dear net-info@ncbi.nlm.nih.gov,

　Please register the following address to use "Nentrez".

　Name:           UGAWA Yoshihiro
　Affiliation:    DNA Information and Stock Center,National Institute of Agrobiological 
　　　　　　　　　Resources
　E-mail:         ugawa@disc.dna.affrc.go.jp
　Postal Address: 2-1-2 Kan-non-dai, Tsukuba City, 305 Japan
　Telephone:      +81-298-38-7456
　Fax:            +81-298-38-7408
　IP address:     150.26.1.*   150.26.2.*

　なお，この件に関しては，http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Search/client.htmlに案内がある．Mosaicなどで見てほしい．

インストールの方法（ユーザ名の登録）

　ftpしたファイルNentrez.seaを，例えばEntrezというフォルダに入れ，ダブルクリックすると，以下のようなファイルができる（図２）．

図２　Nentrezのファイル

　１）
まずnetentcfを起動して，使用するユーザの電子メールのアドレスの登録を行う．最初のEntrezCF画面（図３）で「Entrez Network Service」を選び「Accept」ボタンをクリックする．
　２）
次の，Network Entrez Configuration画面（図４）の「Dispacher Specify」のボタンをクリックする．そうすると，Dispatcher Selection画面が（図５）出てくるので，空白になっているUser Nameの部分に，自分の電子メールのアドレスを入力する．ここにUser Nameが入っていないとnetentcfを正常終了できないばかりか，後でNentrezを起動したときも，システムフォルダの初期設定フォルダ内にncbi.cnf（図６）が見つからないと言われて起動できない．

図３「EntrezCF」画面

図４　Network Entrez Configuration画面

図５　Dispatcher Selection画面

図６　ncbi.cnfのアラート

使用方法

　Entrezには３つの画面がある．キーワードの入力画面（図７），文書選択画面，文書内容表示画面である．起動時にはキーワードの入力画面が現れる．選択可能なデータベースのタイプMEDLINE，核酸，アミノ酸配列のいずれかを選択（Field，Modeも同様に選択する）し，「Term: 」の部分に検索したい文字列を入力する．「Accept」をクリックすると検索が始まる．キーワードの入力画面の下部では，データの絞り込み方法を変えられるようになっている．通常入力されたキーワードは論理積(AND)がかかっているが，「binding」を「mutation」にドラッグすることで，この２つの論理和（OR）をとる指定ができる．また，「Total」の部分がハイライトしている数字の部分ではなく「Special」の部分をクリックしハイライトさせると，この例ではキーワード「ras」が「title」にのみ現れるものに限定することができる．
　ここで「Retrieve」ボタンを押し，図８の文書選択画面が現れたらチェックボックス内にチェックを入れ，「Neighbor」ボタンをクリックすると，これらに似た"ネイバー"が検索できる．

図７　キーワードの入力画面

図８　文書選択画面

　この画面でさらに，文書のアイコン部分をクリックすると図９のような文書内容表示画面が表示される．表示フォーマットは自由に変えられるし，データをファイルに取り出すことも可能である．その他の使用方法は，MicroSoft Wordで書かれたマニュアル「Entrez Manual」に詳しいのでそれを見てほしい．