DNAバンクではGenBank、EMBL、DDBJの遺伝子配列データベースをデイリーアップデートで収集、提供している。これらの配列データベースはパブリックに使用できる遺伝子配列を集めたものである。これらのデータベースはそれぞれ２ヶ月ごとに新しいリリースが出されており、これら３者でデータの相互交換をおこなっている。そのほかにDNAバンクではこれらのデータベースを統合して冗長性を排除したdna_allデータベースを構築しており、配列検索をおこなう場合に、その時の最新のデータ全体に対して検索ができるようになっている。
DNAバンクではPIR, SWISS-PROTを（蛋白質配列データベース）を収集、提供している。遺伝子配列データベースと異なり、これらのデータベース間ではデータの相互交換がおこなわれていない。そのためDNAバンクではこれらのデータベースを統合したprotein_allを作成している。また蛋白質の配列データベース全体をカバーするnr_proteinデータベースを構築しており、このnr_proteinデータベースはSwiss-Prot+PIR+GenPept+PDBとそれらのデイリーアップデートを含んでいる。またnr-proteinのうちレギュラーリリース分をまとめたものもnrprとして公開している。このようなデータベースを利用することによって遺伝子配列と同様にその時の最新のデータ全体に対して検索ができるようになっている。
PrositeはUniversity of GenevaのAmos Bairochによって作成されている蛋白質のモチーフデータベースである。９つのファイル（experts.txt, pautindx.txt, profile.txt, prosite.dat, prosite.doc, prosite.get, prosite.lis, prosite.prg, prosuser.txt）からなっておりデータファイルはprosite.datである。