PIRデータファイルの読み方
ここではA24377を例に内容を解説する。
ENTRY GCHU #type complete
この配列のエントリ番号はGCHUであり、完全長の配列である。
TITLE glucagon precursor - human
ヒトのグルカゴン前駆体である。
CONTAINS glicentin; glicentin-related polypeptide (GRPP); glucagon;
glucagon-like peptide 1 (GLP1); glucagon-like peptide 2
(GLP2); major proglucagon fragment; oxyntomodulin;
truncated glucagon-like peptide 1 (tGLP1)
配列の中には上に示されるような蛋白質が含まれている。
ORGANISM #formal_name Homo sapiens #common_name man
抽出原料の生物はヒトである。学名は "Homo sapiens" であり、一般的には "man" が使用される。
DATE #sequence_revision 31-Mar-1993 #text_change 16-Feb-1996
データは1993年5月31日に登録され、現在の内容は1996年2月16日に更新されたものである。
ACCESSIONS A24377; A44197; A30875; A32614; A01541; S23309
アクセッション番号は上記のとおりである。左のものが現在のものであり、右側のものはこの配列と同じものを示す。
REFERENCE A24377
#authors White, J.W.; Saunders, G.F.
#journal Nucleic Acids Res. (1986) 14:4719-4730
#title Structure of the human glucagon gene.
#cross-references MUID:86259053
#accession A24377
##molecule_type DNA
##residues 1-180 ##label WHI
##cross-references GB:X03991
A24377についてのリファレンスは上記のとおりである。以下、A44197、A30875、A92732・・・についても同様の記述が続く。
COMMENT In pancreatic alpha-cells, proglucagon is processed to
glicentin-related polypeptide, glucagon, and major proglucagon
fragment that is further processed to glucagon-like peptide 1. In
intestinal L cells, proglucagon is processed to truncated
glucagon-like peptide 1, glucagon-like peptide 2, and glicentin
that is partially further processed to glicentin-related
polypeptide and oxyntomodulin.
蛋白質についての説明である。
GENETICS
#gene GDB:GCG
##cross-references GDB:G00-119-265
#map_position 2q23
#introns 31/2; 85/2; 131/2; 179/2
遺伝学的な情報が記されている。GDBのG00-119-265に遺伝子の情報がある。マップ位置は2q23であり、上に示す部分に４つのイントロンを含んでいる。
CLASSIFICATION #superfamily glucagon
蛋白質のスーパーファミリーはグルカゴンのファミリーである。
KEYWORDS carbohydrate metabolism; duplication; intestine; pancreas;
peptide hormone
キーワードは糖代謝、複製、腸、膵臓、ペプチドホルモンである。
FEATURE
1-20 #domain signal sequence #status predicted #label SIG\
1〜20残基はシグナル配列である（予測値）。
21-180 #product proglucagon #status experimental #label PGC\
21〜180残基の部分はプログルカゴンをコードしている（実験値）。
21-50 #product glicentin-related polypeptide #status predicted
#label GRPP\
21〜50残基からglicentin類似ポリペプチドができる（予測値）。
21-89 #product glicentin #status experimental #label GLN\
21〜89残基からglicentinができる（実験値）。
53-89 #product oxyntomodulin #status experimental #label OXN\
53〜89残基からoxyntomodulinができる（実験値）。
53-81 #product glucagon #status experimental #label GCN\
53〜81残基からglucagonができる（実験値）。
92-178 #product major proglucagon fragment #status experimental
#label MPGF\
92〜178残基から主要なproglucagonフラグメントができる（実験値）。
92-127 #product glucagon-like peptide 1 #status experimental
#label GL1\
92〜127残基からglucagon様のペプチドができる（実験値）。
98-127 #product truncated glucagon-like peptide 1 #status
experimental #label TGL\
98〜127残基からtruncatedなglucagon様のペプチドができる（実験値）。
146-178 #product glucagon-like peptide 2 #status predicted
#label GL2\
146〜178残基から別のglucagon様のペプチドができる（予測値）。
127 #modified_site amidated carboxyl end (Arg) (amide in
mature form from following glycine) #status
experimental
127番目の残基はカルボキシ末端がアミド化されている。（実験値）。
SUMMARY #length 180 #molecular-weight 20909 #checksum 9748
この配列は180残基のアミノ酸からなり分子量は20909である。
SEQUENCE
5 10 15 20 25 30
1 M K S I Y F V A G L F V M L V Q G S W Q R S L Q D T E E K S
31 R S F S A S Q A D P L S D P D Q M N E D K R H S Q G T F T S
61 D Y S K Y L D S R R A Q D F V Q W L M N T K R N R N N I A K
91 R H D E F E R H A E G T F T S D V S S Y L E G Q A A K E F I
121 A W L V K G R G R R D F P E E V A I V E E L G R R H A D G S
151 F S D E M N T I L D N L A A R D F I N W L I Q T K I T D R K
上記のような配列をもつ。
///
データは "///" で終了する。
農業生物資源研究所 遺伝資源第二部 前田美紀
(1997.8.21 by mmaeda)