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イネアノテーションプロジェクトデータベース(RAP-DB)公開
イネの高精度アノテーション情報を収録したデータベース「RAP-DB」が(独)農業生物資源研究所・(独)産業技術総合研究所・国立遺伝学研究所により共同開発され,このたび公開されました。

2004年に日本を中心とする国際イネゲノム解読プロジェクト (International Rice Genome Sequencing Project : IRGSP) によってOryza sativa ssp. japonica cultivar Nipponbareゲノムの完全解読が達成され,イネ研究はポストゲノムの時代に突入しました (IRGSP, Nature. 2005 Aug 11;436 (7052):793 - 800)。

これを受けて世界中からイネ研究者・アノテーターが集結しマンパワーによりイネ全遺伝子を高精度に注釈付けする試み,イネアノテーションプロジェクト (Rice Annotation Project : RAP) が推進されています (論文準備中)。

RAP-DB は,RAP によって得られたイネゲノムの注釈情報を収録・公開することによって,この貴重な情報をイネ研究のコミュニティに還元するためのデータベースです (Nucleic Acids Research 2006年データベース特集号, in press)。RAP-DB は2種類のアノテーションビューアから成り,キーワードや配列類似性による検索機能を備えています。また完全長cDNA やTos17 ミュータントパネル等の有用情報へのリンクを持つことにより,イネゲノム学の「ハブ」となることを目指しています。

RAP-DBへはhttp://rapdb.dna.affrc.go.jp/よりアクセスできます。

(参考)



2005年12月15日